所谓二次议价，是指医疗机构在省级药物招标结果的基础上，对中标药品进入医院采购之列时，进行再一次杀价。即目前普遍认为的"暗扣"变"明扣"。
目前关于二次议价争议较大。有关专家和学者认为，"二次议价"符合市场经济规律，但是只是一个治标的策略，不能从根本上解决目前医生收回扣、医患关系紧张及"看病难"、"看病贵"等问题。根本的治疗措施是尽快实现"管办分开"，完善医保制度，从根本上进行改革。
部分医药企业人士认为，"二次议价"使医药企业的负担更加沉重。在目前企业利润不断下滑的情况下，再实行"二次议价"，企业的运营成本必定会增加，无疑令企业的生存更加举步维艰。同时，无法改变医生收回扣等现象。有关人士甚至认为，此举令医药企业除了养医生，还要养医院。
二次议价的真正目的何在?相关人士认为，是为了取消强制招标。由于在药品购销过程中政府主导统一招采，剥夺了购销双方的议价权，遏制企业正常的质量价格竞争。企业的正常经营及获利空间很大程度上取决于是不是单独定价，是不是在品种目录之内等因素，因此企业在供养医院的同时，还要给予权力部门"好处"。有企业表示，当前的招标采购利益链条中一些地方部门"胃口"越来越大，企业不堪重负。不论是医药企业还是医疗机构都希望通过放开"二次议价"绕过行政干涉。
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